Инцидент произошел 7 сентября в 18:32, когда пассажирские воздушные судна авиакомпаний «Turkish Airlines» и «SunExpress» пролетали над Скопье. Самолет первой авиакомпании выполнял рейс Мадрид — Стамбул, а второй Даламан — Лондон.
По данным «Flightradar24», за 30 секунд до расхождения они находились на одной высоте 36 000 футов. В последний момент один из них набрал высоту до 36 325 футов, а другой снизился до до 35 475 футов, хотя по правилам между самолетами должно быть не менее 2 000 футов.